在结构化点云与非结构化点云之间进行转换，需要借助专门的软件。例如，Cyclone REGISTER 360 PLUS 或 Cyclone 3DR 这类工具可以将结构化点云转换为非结构化格式。但是，将非结构化点云转换为结构化点云则更具挑战性，而且并不总是可行。这是因为在生成非结构化点云之后（例如通过合并多个扫描），除非将 Setup index 作为附加信息存储，否则很难确定每个点的原始扫描位置。此外，非结构化点云通常是通过清理数据并移除重叠区域中的重复点而创建的，因此要将其还原为原始的结构化形式十分困难，甚至不可能。
结构化与非结构化文件格式
结构化与非结构化数据格式的示例如下：
- E57：既支持结构化，也支持非结构化
- LAS：非结构化（未压缩）
- LAZ：非结构化（LAS 的压缩版本）
- LGSx：非结构化
- PTG：结构化
- PTS：非结构化
- RCP：既支持结构化，也支持非结构化